Hallo Armin (Hobfix),
Zitat
Ich hatte das Problem, dass die Lifepo4, da diese eine höhere Leerlaufspannung hat (13,6 Volt), immer Strom (Rückstrom) an die Starterbatterie schickte. Ist zwar nicht viel (zwischen 0,5 und 0,1 Ampere), aber das Eingangsmodul (sitzt neben der Batterie) ist wohl so programmiert, dass dieses immer wenn die Spannung an der Aufbaubatterie mehr als 0,4 Volt höher als die Starterbatterie ist, Strom richtung Starterbatterie schickt.
Dies nivelliert sich erst, wenn die Lifepo4 bei einer Spannung von 13,0 -13,1 Volt angekommen ist. Dann hat die Starterbatterie 12,7 Volt, die Lifepo hat dann aber bereits 30% ihrer Kapazität abgegeben.
Eine LiFeYPo hat eine Nominalspannung von 3,2 V pro Zelle, d.h. 12,8V. Praktisch beträgt die Zellspannung meist ca. 3,3V, d.h. 13,2 V Sie kann zwar theoretisch bis ca. 14,6V geladen werden, einen echten Kapazitätsgewinn bringt das aber nicht (< 5%). Die Batteriespannung einer LiFeYPo fällt bei Stromentnahme recht schnell auf ca. 13,2 V ab, bleibt dann aber über den gesamten Entnahmezyklus nahezu konstant. Erst bei < 15% Kapazität (in etwa) nimmt die Akkuspannung auch ab.
Ein ordentliches BMS weiß das und misst die Akkukapazität nicht über die Akkuspannung (wie es bei Blei-Akkus durchaus möglich ist) , sondern über den Innenwiderstand (temperaturkompensiert).
Mit der Anzeige von HOBBY kannst Du die Akkukapazität daher wahrscheinlich auch nicht wirklich zuverlässig ablesen.
Insofern zweifele ich wirklich an, dass das "Laden" der Starterbatterie 30% der LiFeYPo-Kapazität verschlungen hat 
Das Verhindern des "Leersaugens" ist natürlich über ein Trennrelais möglich, aber wahrscheinlich gar nicht erforderlich, wenn der Starterakku noch in Ordnung ist (12,7 V ist ja schon nicht mehr wirklich viel...)
Zum Abschalten des Ladegerätes:
Welches Ladegerät hast Du denn verbaut? Bei den WAECO CA-360 kann man z.B. die Ladespannung einstellen. Diese sollte auf 13,8 V eingestellt werden, dann wird es nicht überlastet und mehr Spannung brauchst Du nicht.
12,3 V bei LiFePo ist schon verdammt niedrig...
Bernd
Ich würde das Ladegerät nicht auf AGM eingestellt haben. Das ist nämlich ohnehin die Krux..., beim AGM-Akku mit der höheren Ladespannung wird der Starterakku regelmäßig "gekocht" und altert entspprechend schneller. Da bei LiFePo wirklich nur maximal 13,8V benötigt werden, sollte das Ladegerät auch so eingestellt werden. Der Starterakku wird's Dir danken.
@Armin (aralso)
Du meinst mit "Batteriemanagement" sicher das HOBBY-Panel. Das bleibt aussen vor, der vorhandene Shunt bleibt weiterhin angeschlossen, nur die abgelesenen Restkapazitätswerte sind wahrscheinlich nicht zuverlässig (Erklärung s. o.). Da, wenn überhaupt, ein Abschalten von Verbrauchern nur über die Spannung erfolgt, ist da nichts zu befürchten.
Im Allgemeinen kann ich diesen "vorkonfektionierten" LiFePo-Akkus nicht viel abgewinnen, weil deren Management sich meist nicht individuell auf die wirkliche Umgebung einstellen lässt. Man lebt dann immer irgendwie mit einem Kompromiss... . Der Vorteil, dass sie unter den Sitz passen, ist natürlich nicht von der Hand zu weisen, aber das war's meines Erachtens dann auch schon. Hinzu kommt, dass die meisten BMS eben passiv arbeiten, d.h. sie vernichten nicht benötigten Ladestrom einer Zelle, anstatt ihn auf eine andere Zelle umzuleiten. Darüberhinaus balancieren diese Systeme nur bei fast vollem Akku, während des Ladevorganges.
Auch brauche ich kein Bluetooth mit App auf dem Smartphone. Ich habe ein Display, das ich maximal einmal am Tag anschaue (wenn wir unterwegs sind, sonst nie). Dort werden mir alle relevanten Daten sofort angezeigt.